Creemos que no sólo la fe de la Iglesia sino también el gobierno de la iglesia debe ser regulado por las Sagradas Escrituras, expresando ésto por medio de una Constitución con la que se establece el buen orden entre nosotros. Como tal, creemos que la Biblia enseña los siguientes principios esenciales de singularidad y pluralidad (paridad) para el ministerio y gobierno eclesiástico;

• La unión confesional como iglesia univesal;  
• La autonomía institucional como iglesia local;
• La cooperación y el compromiso con iglesias en la Gran Comisión;
• La necesidad de definir la membresía, el liderazgo y la disciplina de la iglesia local;
• El nombramiento con base en el servicio de pastores, ancianos y diáconos;
• El reconocimiento de aquellos hombres y mujeres que contribuyen y colaboran con sus dones, talentos y servicio en el ministerio local;
• Y la distinción y definición de que un sano gobierno entre nosotros debe ser llevado a cabo por el buen ejemplo y el buen juicio de los pastores, los ancianos, los diáconos y los colaboradores con base en el servicio ético y moral a otros bajo la instrucción de Dios, Su Palabra y Espíritu.

Para corroborar dichos puntos citamos la Confesión de fe La Rochelle de 1571, artículos 29-33 sobre la Iglesia y su organización:

29 Los Ministerios
En cuanto a la Iglesia Verdadera, creemos que ella debe estar gobernada según el orden establecido por nuestro Señor Jesucristo, a saber, que debe de haber pastores, ancianos y diáconos, a fin de que la pureza de la doctrina sea mantenida, que los vicios (o perversiones) sean corregidos y reprimidos, que los pobres y todos los afligidos sean socorridos en su necesidad, que los congregados lo sean en fidelidad al Nombre de Dios y que los adultos sean edificados e igualmente los infantes.

30 La paridad (igualdad) de los pastores e Iglesias
Creemos que todos los verdaderos pastores, en cualquier lugar que estén, tienen la misma autoridad y el mismo poder entre ellos bajo un único Jefe, la única Cabeza, el único Soberano y el único Obispo universal; Jesucristo, y que por lo tanto, es ilegítimo que una iglesia se impugne a sí misma el dominio o la soberanía sobre otra.

Sin embargo, es necesario que se ponga todo el cuidado en mantener la concordia mutua y el amor fraternal entre los pastores e Iglesias.

31 Las vocaciones
Creemos que nadie puede pretender, bajo su propia autoridad, una carga eclesiástica, más que aquella que se debe hacer por elección, en tanto que sea posible y Dios lo permita.

Agregamos esta restricción, en particular porque ha sido frecuentemente necesario (ya en nuestros propios días puestos que no abunda Iglesia verdadera) que Dios ha levantado a algunas personas de una manera extraordinaria para reparar las ruinas de la iglesia decadente.

Mas, en cualquier caso, creemos que siempre se debe seguir esta regla, que todos los pastores, ancianos y diáconos deben tener un testimonio de que han sido llamados a sus respectivos oficios.

32 La unión entre las Iglesias
Creemos también que es conveniente que aquellos que son elegidos para ser superintendentes en la iglesia, consulten sabiamente entre sí, de qué manera todo el cuerpo puede ser gobernado convenientemente y para que no se desvíen de lo que nuestro Señor Jesucristo ha instituido. Esto no impide el que haya en algunas iglesias ciertas constituciones particulares, que les serán más convenientes usar que a otras iglesias.

33 Leyes y reglamentos eclesiásticos
Sin embargo, rechazamos todas las invenciones humanas y todas las leyes que se quieran introducir o implementar bajo el pretexto de servir a Dios y por las cuales se pretende atar las conciencias. Aprobamos tan solo aquello que contribuya a establecer la concordia y lo que sea apropiado para mantenerla, y a mantener a cada uno- desde el primero al último- dentro de la obediencia a Dios.

Debemos pues seguir sobre este punto aquello que nuestro Señor ha declarado en cuanto a la excomunión, que aprobamos y confesamos ser necesario junto con todas sus consecuencias.

Como también el Sínodo de Emden, 1571 Países Bajos:

Ninguna iglesia tendrá dominio sobre otra Iglesia, ningún ministro de la Palabra, ni anciano, ni diácono ejercerán dominio sobre otro. Más bien deben estar atentos para que no den causa de sospecha de deseo de dominio.

Todo esto está resumido en la siguiente constitución local: