Creemos que no sólo la fe de la Iglesia sino también el gobierno de la iglesia debe ser regulado por las Sagradas Escrituras, expresando ésto por medio de una Constitución con la que se establece el buen orden entre nosotros. Como tal, creemos que la Biblia enseña los siguientes principios esenciales de singularidad y pluralidad (paridad) para el ministerio y gobierno eclesiástico;

• La unión Confesional con la iglesia histórica y univesal de Cristo;
• El derecho de los creyentes a organizarse como una Iglesia local;
• La necesidad de definir la membresía, el liderazgo y la disciplina de la iglesia;
• El nombramiento con base en el servicio de pastores, ancianos y diáconos;
• El reconocimiento de aquellos hombres y mujeres que contribuyen y colaboran con sus dones, talentos y servicio en el ministerio local;  
• La autonomía institucional como iglesia que forma dicha comunidad de creyentes y liderazgo;
• La cooperación y el compromiso con iglesias locales en la Gran Comisión y el mandato cultural Cristiano. 

Para corroborar dichos puntos citamos la Confesión de fe La Rochelle de 1571, artículos 29-33 sobre la Iglesia y su organización, también el Sínodo de Emden de 1571 para los Países Bajos españoles, y el Comentario del Orden eclesiástico de Dort por Idzerd Van Dellen y Martin Monsma:

Confesión de fe La Rochelle de 1571, artículos 29-33;

29 Los Ministerios
En cuanto a la Iglesia Verdadera, creemos que ella debe estar gobernada según el orden establecido por nuestro Señor Jesucristo, a saber, que debe de haber pastores, ancianos y diáconos, a fin de que la pureza de la doctrina sea mantenida, que los vicios (o perversiones) sean corregidos y reprimidos, que los pobres y todos los afligidos sean socorridos en su necesidad, que los congregados lo sean en fidelidad al Nombre de Dios y que los adultos sean edificados e igualmente los infantes.

30 La paridad (igualdad) de los pastores e Iglesias
Creemos que todos los verdaderos pastores, en cualquier lugar que estén, tienen la misma autoridad y el mismo poder entre ellos bajo un único Jefe, la única Cabeza, el único Soberano y el único Obispo universal; Jesucristo, y que por lo tanto, es ilegítimo que una iglesia se impugne a sí misma el dominio o la soberanía sobre otra.

Sin embargo, es necesario que se ponga todo el cuidado en mantener la concordia mutua y el amor fraternal entre los pastores e Iglesias.

31 Las vocaciones
Creemos que nadie puede pretender, bajo su propia autoridad, una carga eclesiástica, más que aquella que se debe hacer por elección, en tanto que sea posible y Dios lo permita.

Agregamos esta restricción, en particular porque ha sido frecuentemente necesario (ya en nuestros propios días puestos que no abunda Iglesia verdadera) que Dios ha levantado a algunas personas de una manera extraordinaria para reparar las ruinas de la iglesia decadente.

Mas, en cualquier caso, creemos que siempre se debe seguir esta regla, que todos los pastores, ancianos y diáconos deben tener un testimonio de que han sido llamados a sus respectivos oficios.

32 La unión entre las Iglesias
Creemos también que es conveniente que aquellos que son elegidos para ser superintendentes en la iglesia, consulten sabiamente entre sí, de qué manera todo el cuerpo puede ser gobernado convenientemente y para que no se desvíen de lo que nuestro Señor Jesucristo ha instituido. Esto no impide el que haya en algunas iglesias ciertas constituciones particulares, que les serán más convenientes usar que a otras iglesias.

33 Leyes y reglamentos eclesiásticos
Sin embargo, rechazamos todas las invenciones humanas y todas las leyes que se quieran introducir o implementar bajo el pretexto de servir a Dios y por las cuales se pretende atar las conciencias. Aprobamos tan solo aquello que contribuya a establecer la concordia y lo que sea apropiado para mantenerla, y a mantener a cada uno- desde el primero al último- dentro de la obediencia a Dios.

Debemos pues seguir sobre este punto aquello que nuestro Señor ha declarado en cuanto a la excomunión, que aprobamos y confesamos ser necesario junto con todas sus consecuencias.

El Sínodo de Emden de 1571 (para los Países bajo españoles):

Ninguna iglesia tendrá dominio sobre otra Iglesia, ningún ministro de la Palabra, ni anciano, ni diácono ejercerán dominio sobre otro. Más bien deben estar atentos para que no den causa de sospecha de deseo de dominio.

Articulo 38 del Comentario del Orden de la Iglesia Cristiana Reformada por Idzerd Van Dellen y Martin Monsma:

La administración de la Palabra en su sentido oficial y la administración de los Sacramentos pertenecen únicamente a la Iglesia de Dios organizada y autorizada. Esta Iglesia autorizada tiene el encargo de ir con autoridad divina proclamando la Palabra y Voluntad de Dios, y de señalar y sellar la misma por medio de los Sacramentos. Así, la Iglesia debe cumplir con esta hermosa e importante tarea a través de los funcionarios debidamente designados en ella. Asimismo, las Iglesias se gobiernan a sí mismas, bajo Cristo, a través de los oficios, y se dedican a la obra de la misericordia cristiana a través de los oficios.

[…] Esencialmente, cualquier grupo de creyentes tienen derecho a organizarse como una Iglesia. […] Por esta admisión concedemos que los creyentes tienen un derecho esencial de organizarse en una Iglesia si así lo desean. Las decisiones de un Clasis sobre la organización de las Iglesias particulares, por tanto, no son necesarias para la existencia misma de nuestras Iglesias.

¿Por qué entonces el Orden de la Iglesia prescribe consejos de un Classis? Como cuestión de buena política; como un asunto de común consentimiento y sabiduría, y no como un asunto de autoridad superior sin la cual ninguna Iglesia puede organizarse. El consejo de un Classis para la institución de los oficios en una nueva localidad, es necesario, no para el “ser” de la Iglesia, sino para su “bienestar”.

Todo esto está resumido en la siguiente constitución local (En Inglés páginas 1-10. Español páginas 11-21):